Ankara Marriott Otel'de yapılan ve Türkiye Futbol Federasyonu yöneticilerinin yanı sıra kulüp temsilcilerinin de hazır bulunduğu kura çekiminde gelecek sezonun grupları belirlendi.
2012-2013 sezonunda Spor Toto 2. Lig 2 grupta, Spor Toto 3. Lig ise 3 grupta oynanacak.
Spor Toto 2. Lig'de Kırmızı ve Beyaz olarak 2 ayrı grup'ta 17'şer takım, 3. Lig'de ise 3 grupta 18'er takım mücadele edecek.
Maç takviminin daha sonra açıklanacağı 2. ve 3. Lig'de, gruplar şu şekilde oluştu:
-Spor Toto 2. Lig-
Kırmızı Grup: Tarsus İdmanyurdu, BUGSAŞ Spor, Çankırıspor, Fethiyespor, Bandırmaspor, Bozüyükspor, Kahramanmaraşspor, Giresunspor, Nazilli Belediyespor, Hatayspor, Sarıyer, İstanbul Güngörenspor, Tepecikspor, Pendikspor, Turgutluspor, Ünyespor, Sakaryaspor.
Beyaz Grup: Konya Torku Şekerspor, Kızılcahamamspor, Beypazarı Şekerspor, Alanyaspor, Balıkesirspor, İnegölspor, Yeni Malatyaspor, Ofspor, Denizli Belediyespor, İskenderun Demirçelikspor, Bayrampaşaspor, Gaziosmanpaşaspor, Eyüpspor, Kırklarelispor, Altay, Tokatspor, Körfez Futbol Kulübü.
-Spor Toto 3. Lig-
1. Grup: Tekirova Belediyespor, Ankara Demirspor, Orhangazispor, Diyarbakır Büyükşehir Belediye, Sandıklı Belediyespor, Siirtspor, Belediye Vanspor, Kırıkhanspor, Çorumspor, Bergama Belediyespor, Gölcükspor, Kastamonuspor, Pazarspor, İstanbulspor, Fatih Karagümrük, Anadolu Üsküdar, Kayseri Şekerspor, Beşikdüzüspor
2. Grup: Manavgat Evrenseki, Hacettepe, Bursa Nilüferspor, Belediye Bingölspor, Aydınspor 1923, Batman Petrolspor, Adıyamanspor, İskenderunspor 1967, Menemen Belediyespor, Gebzespor, Derince Belediyespor, Kilimli Belediyespor, Refahiyespor, Silivrispor, Dardanelspor, Ümraniyespor, 4 Eylül Belediyespor, Yalıspor
3. Grup: Keçiörengücü, Oyak Renault, Diyarbakırspor, Elazığ Belediyespor, Emrespor, Mardinspor, Kahramanmaraş Belediyespor, Çorum Belediyespor, Altınordu, Kocaelispor, Darıca Gençlerbirliği, Gümüşhanespor, Erzurum Büyükşehir Belediye, Sancaktepe Belediyespor, Beylerbeyispor, Maltepespor, Yozgatspor, Arsinspor