Babacan, istifasını yazılı bir açıklamayla duyurdu. Babacan'ın yeni parti kuracağı haberlerinin kamuoyunda yer almasından sonra hakkında FETÖ iddiasıyla suç duyurusunda bulunulmuş daha sonra bu suçlama düşmüştü. AKP'nin kurucuları arasında bulunan eski TBMM Başkanı Bülent Arınç da Babacan'a açılan soruşturma ile ilgili "Bu savcılar hukuku biliyorlarsa bence sayın Cumhurbaşkanımıza ve hükümete karşı yanlışın içindeler. Hukuken de yanlış, siyaseten de yanlış." uyarısında bulunmuştu. Babacan'ın parti kuracağı iddiaları ve Cumhurbaşkanı Erdoğan ile görüşüp görüşmediği soruları Cumhurbaşkanlığı Sözcüsü İbrahim Kalın'a da soruldu. Kalın, "bir görüşme olmuştur, içeriğiyle ilgili uygun görürse Sayın Cumhurbaşkanımız uygun bir zamanda paylaşırlar" açıklamasıyla Erdoğan-Babacan görüşmesini doğruladı. Bu gelişmelerin ardından Babacan'ın istifa etmesi manidar bulundu.
Babacan, ‘Kamuoyunun bilgisine’ başlığıyla yaptığı açıklamada şunları söyledi:
“Ağustos 2001 tarihinde kurucu üyesi olduğum Adalet ve Kalkınma Partisi'nden 14 yıl MKYK üyeliği yaptım. 3 Kasım 2002 seçimlerinden sonra 13 yıl Bakanlar Kurulu Üyesi oldum. Bu süre içerisinde ülkemizin elde ettiği büyük başarılara katkı vermekten onur duydum.
Görevde olduğum dönemlerde partinin kuruluş ilke ve değerlerini hem ülkemizde hem de dünyada inanarak savundum. Türkiye'nin tarihi dönüm noktalarında, doğruları için verilen büyük mücadelelerin bizzat içinde olmak benim için şeref oldu.
Son yıllarda ise pek çok alanda yapılan uygulamalar ile inandığım ilke, değer ve fikirler arasında derin farklılıklar oluştu. Aklen ve kalben bir ayrışma yaşadım. Aynı süreçte Türkiye yeni sınamalarla karşı karşıya kaldı. Dünya hızla değişti. Ülkemizde ise parlak bir gelecek vaat eden, bambaşka beklentileri olan, dinamik, yeni nesillerimiz var artık.
İçinde bulunduğumuz şartlarda, Türkiye için yepyeni bir gelecek vizyonuna ihtiyaç vardır. Ülkemiz için her alanda doğru analizler, yeniden düşünülmüş stratejiler, planlar, programlar gerekmektedir. Çok çeşitli kesimlerle yaptığımız istişareler de bunu teyit etmektedir.
Türkiye’nin bugünü ve geleceği için yeni bir çalışma başlatmak kaçınılmaz hale gelmiştir. Ben ve pek çok arkadaşım, böyle bir çalışma için büyük ve tarihi bir sorumluluk hissetmekteyiz. Bu süreçte aynı ahlaki ve toplumsal sorumluluğu hisseden çok sayıda insanla tanışmış olmak da bizim için çok sevindirici olmuştur.
İnanıyorum ki, karşı karşıya olduğumuz sorunların çözümü, ancak, temsil gücü yüksek ve geniş bir kadro çalışmasıyla mümkün olacaktır. Beraberce çalışmak ve ortak aklı hedeflemek zorundayız. Çalışmalarımızın bağımsız ve özgür bir şekilde yapılması büyük önem taşımaktadır. Her konuda beyaz sayfalarla işe başmak gerekmektedir.
Bu gerçekler dikkate alındığında Adalet ve Kalkınma Partisi kurucu üyeliğimin devam etmesi maalesef mümkün görünmemektedir. Bugün itibariyle istifa dilekçemi parti genel merkezine ulaştırdım. Hepimizin amacı ülkemizin itibarını yükseltmek, halkımızın refah ve mutluluğunu artırmak, Türkiye'yi hak ettiği güzel bir geleceğe ulaştırmaktır. İnsan hakları, özgürlükler, ileri demokrasi ve hukukun üstünlüğü vazgeçilmez ilkelerimizdir. Siyasete ilk girdiğim günden bu yana bunlar için canla başla çalıştım. Allah sağlık ve ömür verdiği sürece bundan sonra da çalışmaya devam edeceğim.”