Soruşturmayı yürüten Anayasal Düzene Karşı İşlenen Suçlar Bürosu Savcılığı, Gülen’in geçmişe yönelik hakkında verilen tüm ‘takipsizlik’ ve ‘beraat’ ile sonuçlanan dosyalarını da yeniden inceliyor. Savcılık Gülen’i, “Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti’ni ortadan kaldırmak amacıyla, örgüt kurmak, yönetmek ve darbeye teşebbüs” iddialarıyla soruşturuyor.

Hürriyet’in edindiği bilgilere göre, savcılık makamının Gülen’e isnat ettiği suçlamalardan bazıları şöyle:

-Hükümeti sona erdirip yerine Şer’i yasaların hakim olduğu teorik bir İslam diktatörlüğü kurmak. 
-Bu amacını gerçekleştirmek için beyinlerini yıkadığı genç toplumu kullanmayı planladı. Yurtiçi ve yurtdışındaki okulları bu amaç için vasıta olarak kullandı. 
-Siyasi parti, kişi ve bazı devlet kadroları tarafından kabul görmesi nedeniyle devlet rejimini istismar etti. 
-Dini siyasi yapısını sürekli canlı tutan, şaibeli finans desteğine sahip. 
-Bünyesinde bulunan vakıf, okul ve dershaneleri kullanarak, eğitilmiş gençlerden oluşan bir taban oluşturdu, devletin tüm kadrolarında, bütün bürokraside, Milli Eğitim Bakanlığı ve Emniyet teşkilatında kadrolaştı.
-Seçilmiş öğrencilere beyin yıkama metodları uygulandı. Eğitim alanında devletten ileri imkânlara sahip oldu.
-TSK’ya sızma politikasını sürdürdü. 
-Uyumlu ve modern imajı ile siyasi partilerin içine sızdı.
-Örgütü, bölge imamları, şehir imamları, semt imamları, ev imamları gibi illegal yapılanma ile bütün ülkeyi ağ gibi sardı.
-Tüm devlet organlarında, yerel yönetimlerde, sivil sektörde örgütlendi.
-Devlet yönetimini kontrol altına alabilmek için tüm kadrolara yandaşlarının getirilmesini sağlayarak teşkilatlandı.