Mahkemenin suç duyurusu üzerine hakkında yürütülen soruşturma kapsamında 6 Ocak 2012'de tutuklanan Başbuğ hakkındaki Türk Ceza Kanunu'nun 312/1. maddesi gereğince, "cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek" suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istemiyle düzenlenen iddianame, 15 Şubat 2012'de İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nce kabul edildi.

      

Başbuğ hakim karşısına ilk kez 26 Mart 2012'de çıktı. Kısa bir konuşma yaparak savunma yapmayacağını söyleyen Başbuğ, eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral Hilmi Özkök'ün tanık olarak dinlenilmesi sırasında ve esas hakkındaki savunma olmak yapmak üzere bazı duruşmalara katıldı.